A biológiában a szervezetben lezajló kémiai reakciókban fontos szerepet játszanak az enzimek.
Ezek a makromolekulák - bár a reakció részfolyamataiban alakjukat és szerkezetüket
megváltoztatják - a folyamat végére visszanyerik kezdeti alakjukat, ilyenformán tehát
katalizátornak tekinthetők. Bonyolultságuk révén azonban ennél többre is képesek: reakciógyorsító
tulajdonságuk mértékét változtatni tudják, így szabályozóként is funkcionálnak. Ezen enzimeknek
egy speciális fajtáját képviselik az ún. motorfehérjék, amelyek képesek az exoterm reakciók közben
felszabaduló kémiai energiát nagy hatásfokkal mechanikai energiává alakítani. A reakció közben a
fehérje nagy elmozdulásokat végez, melyek révén több lokális egyensúlyi alakot is felvesz. Ezekben
az alakokban a makromolekulát alkotó atomok helye biológiai és fizikai módszerekkel
feltérképezhető, ismeretlen azonban, hogy a különböző lokális egyensúlyi alakok (ún.
konformációk) között milyen alakokat vesz fel a fehérje.
A doktori munka célja egy olyan modell felépítése, amely a feltérképezett geometria alapján képes
meghatározni a konformációk közötti alakokat, megadva ezzel a konformációváltozás „útvonalát”.
A szerkezet viselkedését leíró egyenletek durva nemlinearitása miatt a feladat megoldása
számítógépes szimulációk készítését igényli.